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为什么举行卵白组测序办事?

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  生物质谱技能的开展和不停成熟极大地促进了卵白质组学的开展,质谱技能也是现在卵白质组研讨中开展最快、也最具生机和潜力的技能。现在质谱技能可同时完成卵白的判定和定量。大抵可以分为标志(label)定量和无标志(label-free)定量。标志定量办法是指用差别的化学试剂或同位素作为标志物,对差别样品举行区别标志,然后混淆、颠末LC-MS/MS剖析。现在常用的标志定量办法有TMT、iTRAQ 及 SILAC等办法。差别的定量办法有各自的优缺陷。
      同量异序标签(Tandem Mass Tag, TMT)是基于质谱技能的卵白质绝对定量办法中十分罕见的一种。TMT 标签的多重绝对定量办法具有许多上风,包罗整个实行周期更短、动摇更小,样品通量更高,以及样品间定量数据的缺失更少等。标志氨基的 TMT10plex 与 TMTsixplex 反响试剂的化学布局相反但前者在质量陈诉地区中可以提供更多的 13C 和 15N 同位素组合情势。关于某些组合间相互仅相差一其中子的质量,必要高辨别率的剖析仪器完成串联质谱谱图收罗才干举行区分。
       波动同位素标志绝对和相对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ) 技能由AB SCIEX公司研发的一种体外同种同位素标志的绝对与相对定量技能。该技能使用多种同位素试剂标志卵白多肽N末了或赖氨酸侧链基团,经高精度质谱仪串联剖析,可同时比力多达8种样品之间的卵白表达量。
       定量卵白质组学办法也可以用label-free的办法,即非标志法。非标志卵白质组定量质谱检测的好处便是样品上机前,不必要特别标志操纵,操纵十分利便,也节流了标志试剂的用度。联合利用Maxquant软件举行剖析,可以做到定量检测。Maxquant软件非标志定量剖析因此MS1为底子,实行证明联合Maxquant软件剖析的非标志技能具有较好的定量正确性和牢靠性。可以使用无标志卵白质组学办法对各种庞大样本提取卵白及co-IP、Pull-down等中等庞大样本举行卵白判定与定量。关于庞大样本卵白判定数目通常在1千个以上。

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